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Die Reformation fasste um 1525 Fuß. Seit dem letzten Drittel des 16. Jahrhunderts war Görlitz eine rein protestantische Stadt. Wie alle Lausitzer Protestanten gehörten die Görlitzer keiner Landeskirche an, sondern die Stadt verwaltete ihre Kirchenangelegenheiten selbst. Die evangelische Frömmigkeit in Görlitz wurde Ende des 17. Jahrhunderts stark vom Pietismus beeinflusst. Ab 1815 gehörte die Stadt zu Preußen und ihr Kirchenwesen wurde in die unierte evangelische Kirche Preußens eingeordnet. Die Stadt war Teil der schlesischen Provinzialkirche, deren Sitz sich seinerzeit in Breslau befand. Infolge der Grenzziehung nach dem Zweiten Weltkrieg („Oder-Neiße-Grenze“) verblieb nur noch ein kleiner Teil des Gebiets der schlesischen Provinzialkirche bei Deutschland und kam zur Sowjetische Besatzungszone.
Die Kirchenleitung musste 1946 Breslau verlassen und siedelte nach Görlitz um. So wurde Görlitz 1947 Sitz einer Landeskirche, die zunächst den Namen „Evangelische Kirche von Schlesien“ behielt, 1968 jedoch ihren Namen in „Evangelische Kirche des Görlitzer Kirchengebiets“ ändern musste und 1992 ihren zuletzt bekannten Namen Evangelische Kirche der schlesischen Oberlausitz erhielt. Zum 1. Januar 2004 ging diese Landeskirche in der Evangelischen Kirche in Berlin-Brandenburg-schlesische Oberlausitz auf. Seither ist Görlitz Sitz des (vierten) Sprengels dieser neuen Landeskirche. Innerhalb dieses Sprengels gehören die Kirchengemeinden der Stadt Görlitz zum gleichnamigen Kirchenkreis.
Zu Beginn des 19. Jahrhunderts zogen vermehrt wieder Katholiken in die Stadt und gründeten ab 1853 wieder eigene Pfarrgemeinden. Sie gehörten zum Erzbistum Breslau. Als dessen Gebiet nach dem Zweiten Weltkrieg infolge der Grenzziehung geteilt wurde, bildete der westlich der Neiße bei Deutschland verbliebene Teil des Bistums Breslau zunächst das „Erzbischöfliche Amt Görlitz“. Hieraus entstand über die 1972 gebildete „Apostolische Administratur Görlitz“ zum 8. Juli 1994 das heutige Bistum Görlitz innerhalb der neu errichteten Kirchenprovinz Berlin, dessen Kathedrale die 1898 erbaute St. Jakobuskirche wurde. Innerhalb des Bistums Görlitz gehören die Pfarrgemeinden der Stadt Görlitz zum gleichnamigen Dekanat.
Neben den beiden großen Kirchen gibt es in Görlitz auch noch Gemeinden der Selbständigen Evangelisch-Lutherischen Kirche, der Baptisten, der Siebenten-Tags-Adventisten, der Pfingstler, der Methodisten, der Kirche Jesu Christi der Heiligen der Letzten Tage („Mormonen“), der Zeugen Jehovas und der Neuapostolischen Kirche.
Seit einigen Monaten erst gibt es in Görlitz eine jüdische Gemeinde die, noch in den Kinderschuhen steckend, sieben Mitglieder zählt. Die Gemeinde ist bereits vom Zentralrat der Juden in Deutschland und dem sächsischen Landesrabbiner Dr. Almekias-Siegl anerkannt worden. In nächster Zeit wird die noch kleine Gemeidne bestimmt größer werden.